間質性肺炎の原因は多くの場合、特定できません。原因不明という意味で「特発性」という言葉を使い、原因不明の間質性肺炎を「特発性間質性肺炎」と呼びます。原因が推測されるもので最も多いのは、関節リウマチなど膠原病による間質性肺炎です。他の原因として、抗がん剤や漢方薬などの薬剤、カビ・羽毛・石材・アスベスト・超硬合金などを吸入した場合がありますが、これらの場合は間質性肺炎という病名ではなく、原因に即した病名を使います。薬が原因なら薬剤性肺障害、カビや羽毛へのアレルギーが原因なら過敏性肺炎、職業性の粉じんが原因なら塵肺、石綿肺、超硬合金肺などです。そのため、厳密には間質性肺炎には含まれません。また、喫煙は間質性肺炎を進行させます。
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