L’anime B: The Beginning raconte l’histoire d’enfants créés par des scientifiques pour rétablir la paix sur terre. Alors qu’ils sont envoyés en mission sur terre, ils se font enlever par une organisation qui veut utiliser leurs pouvoirs à des fins moins nobles. Des détectives se mettent alors à la recherche des enfants, parmi eux se cachent un tueur en série.
